Prymas Wyszyński dążył do unormowania relacji państwo - Kościół, w momencie ofensywy komunizmu. Należy tu podkreślić, że Prymas był ekspertem w dziedzinie katolickiej nauki społecznej, jego praca i publikacje sprzed wojny dotyczyły trzech nurtów w tym krytyki zasad komunizmu, skutków ekonomicznego liberalizmu i promowanie KNS. Także i Zapiskach Więziennych Prymas wyliczył błędy, jakie popełniał ówczesny rząd komunistyczny, od 1949 roku PZPR, a były to: „przesadne pomniejszanie wartości i osiągnięć gospodarczych Polski przedwojennej, jaskrawe wychwalanie osiągnięć gospodarczych sowieckich, narzucanie wzorów i literatury radzieckiej, ignorancja kierowników życia politycznego, błędna ocena rzeczywistości społeczno gospodarczej Polski, nieznajomość psychologii społecznej Narodu, represyjne procesy, niszczenie rozbudowanego życia społecznego, likwidacja partii i wolnych związków zawodowych, oraz wiele innych-to były drażniące błędy”. Dalej w stosunku do Kościoła - Prymas kontynuuje swe rozważania na temat błędnej polityki a były to: zerwanie konkordatu w 1945 roku, ataki na Stolicę Świętą, schlebianie wolności obyczajowej młodzieży a także liczne ataki na Kościół, oraz wprowadzenie systemu gospodarczego opartego na PGR-ach, gdzie majątek kościelny planowano włączyć w spółdzielnię w związku z tym, Kościół jak i jego majątek należałby do PGRów. Rząd uzyskał dzięki zerwaniu konkordatu 15 września 1945 roku wolną rękę w stosunku do Kościoła, mimo ogłoszenia przez Rząd obowiązującej konstytucji marcowej, w której Kościół miał zagwarantowane podstawowe prawa.

         Od 1947 roku rozpoczęły się liczne aresztowania księży. Głównym powodem aresztowań według szefa MBP Stanisława Radkiewicza były związki z podziemiem antykomunistycznym i z AK. Dużo miejsca w swoich zapiskach poświęca prymas Wyszyński sprawie Porozumienia. Do zawarcia Porozumienia z rządem doszło 14 kwietnia 1950 roku. Z ramienia Episkopatu Polski podpisali je: bp Michał Klepacz, Zygmunt Choromański, Tadeusz Zakrzewski. Ze strony państwa: minister administracji Władysław Wolski, wiceminister obrony narodowej Edward Ochab oraz szef ówczesnej Służby Bezpieczeństwa Franciszek Mazur. Przed i nad zawarciem porozumienia pracowała tzw. Komisja Mieszana.

          W Zapiskach więziennych Prymas opisuje swoje starania o zawarcie porozumienia, zanotował: „Pragnąłem doprowadzić za wszelką cenę, do stworzenia stałego ciała porozumiewawczego między Episkopatem a Rządem, które później powstało w postaci Komisji Mieszanej”. Ze strony biskupów odbywała ona często swe zebrania, przed głównymi zebraniami, biskupi naradzali się wraz z Prymasem, następnie spisywano protokół. W jakich okolicznościach doszło do porozumienia Episkopatu z Rządem. Zostało ono zawarte w momencie prześladowania Kościoła, kiedy to „wielu z tych kapłanów, którzy ocaleli z obozów hitlerowskich, znalazło się znowu w więzieniach. Do kół kierowniczych Episkopatu należało tak prowadzić sprawy Kościoła w polskiej rzeczywistości by oszczędzić mu nowych strat. Czym było porozumienie wg Prymasa Wyszyńskiego? „…tekst Porozumienia nie zawierał żadnych przywilejów prawnych dla Rządu, jako że takie przywileje od Prawa Kanonicznego może czynić Stolica Apostolska. Porozumienie w swej merytorycznej treści było tylko gwarantowaniem sobie wzajemnego bezpieczeństwa we współżyciu. Episkopat Polski nie mógł powiedzieć nie”. Ciąg dalszy nastąpi