Mimo odłamu zaczęła kwitnąć myśl teologiczna, ożywiły się dysputy teologiczne. Powstała Akademia Duchowna w Kijowie. W polemice z katolikami brali udział tacy znani prawosławni jak: Konstant Ostrogski, Andrzej Kurbski, Marcin Broniewski. Metropolita prawosławny Piotr Mohyła założył Akademię zwaną od jego nazwiska Mohylańską. Pewien wpływ na polemikę mieli mnisi z monasteru na świętej górze Athos. Pokojowe życie między katolikami, unitami a dyzunitami nie trwało długo. W 1620 roku patriarcha jerozolimski Teofanes w drodze do Moskwy wyświęcił potajemnie 7 biskupów prawosławnych dla Ukrainy. Król Polski kazał ich uwięzić. Jednocześnie na wschodnich terenach pojawili się kozacy, którzy nie uznawali żadnej władzy, stanęli jednak po stronie prawosławia, zmuszając Polskę na dość duże ustępstwa na rzecz ludności prawosławnej. Wybuchło powstanie na Ukrainie, Bohdan Chmielnicki zamierzył utworzyć niepodległe państwo ukraińskie. W 1654 roku Kozacy uznali zwierzchnictwo Moskwy, co włączyło Moskwę do wojny z Rzeczpospolitą. Wojny toczyły się do 1667 roku, na mocy pokoju Polsce przypadło część Ukrainy, a część Kijowska Ukrainy wraz z Kijowem przypadła Moskwie. Tym oto sposobem prawosławie zostało wzmocnione myślą teologiczną z zachodu i zostało objęte opieką ze strony patriarchatu moskiewskiego. W okresie działalności Sejmu Czteroletniego określono statut cerkwi prawosławnej w Polsce. Na konferencji prawosławnej w Pińsku w 1791 roku przyjęto tzw. statuty pińskie, które zostały włączone w Volumina Legum, lecz nie zostały wprowadzone w życie z powodu Targowicy. W okresie rozbiorowym cerkiew polska została podporządkowana caratowi i tak pozostało do rewolucji październikowej w 1917 roku.
Cerkwie uzyskała samodzielność w 1918 roku, określenie stanu prawnego nastąpiło w latach 1936 – 1939, jednak nie określono statusu autokefalicznego. Do określenia autokefalii doszło w 1951 roku. Odtąd autokefalia Polskiego Kościoła Prawosławnego została uznana przez państwo polskie, oraz przez pozostałe kościoły prawosławne. Obecnie kościół prawosławny liczy 6 diecezji (d. białostocka – gdańska, lubelsko – chełmska, łódzko – poznańska, przemysko – nowosądecka, warszawsko – bielska, wrocławsko – szczecińska).
