Pokojowa egzystencja chrześcijan ze społeczeństwem oddającym cześć bóstwom tradycyjnej religii rzymskiej zakończyła się wraz z panowaniem Juliana zwanego przez pisarzy chrześcijańskich Apostatą. Ten cesarz rzymski panujący w latach 361-363, zniszczył to, co do tej pory wypracował Konstantyn Wielki dla chrześcijan, uprzywilejowana pozycja religii chrześcijańskiej została całkowicie zepchnięta na drugi plan, co więcej Julian Apostata dzięki swej polityce doprowadził do poważnego nadszarpnięcia wspólnotowego życia chrześcijan i do reakcji pogańskiej w całym Imperium Rzymskim.Julian wraz z bratem Gallusem zostali cudem uratowani od zagłady, jaką zgotował całej rodzinie cesarskiej podejrzliwy Konstancjusz. Julian przebywał przez całą młodość w Macellum (Anatolia), jako 20 latek został wezwany przez Konstancjusza, aby poprzez studia w Atenach przygotować go do pełnienia funkcji cesarskich.Tam oto był uczniem filozofów ateńskich, sam później chciał oprzeć kult pogański na filozofii helleńskiej i platońskiej. Cesarz Julian zginął po 3 latach panowania w bitwie z persami w dziwnych okolicznościach nad rzeką Tygrys w okolicach Samarii. Jak głosi legenda, miał zginąć z rąk chrześcijańskiego żołnierza, myśląc o Jezusie Chrystusie, powiedział Galilejczyku zwyciężyłeś. Na czym polegała polityka Juliana Apostaty wobec chrześcijan? Za czasów jego panowania nie doszło do tak brutalnego prześladowania, jak za poprzednich cesarzy pogańskich. Julian Apostata starał się osłabić chrześcijaństwo poprzez skłócenie środowiska wyznawców Chrystusa. Ogłosił amnestię dla wszystkich biskupów, którzy uznani za heretyków musieli opuścić Imperium. Powrót odszczepieńców na łono kościoła wzmogło tylko ferment w środowisku chrześcijan i doprowadziło do poważnych nieporozumień. Zakazał duchownym chrześcijańskim pełnienia funkcji sędziów i notariuszy. Doszło do nawet do pewnych ekscesów, gdy chrześcijanie podpalili 362 roku nowo odrestaurowaną świątynię Apollina w Dafne i zniszczyli posąg boga. W zamian Julian Apostata nakazał zniszczyć kościół chrześcijański w Antiochii i wiele kościołów zbudowanych na cześć męczenników. Zdarzało się, że w Damaszku, Gazie, Aszkelonie i w Aleksandrii niszczono świątynie chrześcijańskie, a schwytanych chrześcijan poddawano torturom.
W 362 roku podczas reformy szkolnictwa, ze szkół zostali usunięci chrześcijańscy nauczyciele, według Juliana Apostaty byli głosicielami zacofanych teorii, gdyż nauczali według Ewangelii. Cesarz starał się ubogacić kult pogański poprzez wprowadzenie niektórych elementów kultu chrześcijańskiego. Jednym z tych właśnie elementów zaczerpniętych z religii chrześcijańskiej była przede wszystkim hierarchia kapłanów oraz elementy z obrzędów sakralnych - chrześcijańskich. Kult pogański stał się przez to bardziej atrakcyjny dla przeciętnego obywatela Rzymu. Sam cesarz wrócił do kultu pogańskiego, w tym do kultu Heliosa, któremu w swoim pałacu cesarskim zbudował świątynię, Reakcja pogańska zakończyła się wraz ze śmiercią cesarza. Kolejny cesarz Jowian przywrócił cofniętą przez Juliana Apostatę tolerancję i od tego momentu kult chrześcijański uzyskał status równouprawnienia z innymi kultami pogańskimi.
